現在のエルデネ·ズー修道院は、残っている石垣をハルクホルム郊外に移すことによって、大モンゴル帝国の歴史的首都であるハルクホルム市の遺跡に建てられました。

まず、1580年にアヴタイ·セイン王と弟のトゥメンヘン·ノヨンがダライ·ラマ3世に会い、モンゴルでの仏教使節団について助言を求めました。 そしてダライ·ラマ3世の助言に従って、彼らはハルクホルム市の古代高海寺院の遺跡を修復し、エルデンヌ·ズー修道院の基礎を築きました。それ以来、1586年から1674年の間に三蔵法師とリグサムゴンボ寺院が建てられました。 それぞれ1701年から1705年、1771年から1792年の間にオチダリ寺院、アルビド寺院、グレート·ストゥパ寺院、グレート·ツォギン·ドゥガン寺院、ラヴリン寺院が建てられました。

1802年から1813年の間に、以前に建設された壁に囲まれた浮浪者の間に56人の浮浪者が追加されました。 壁に囲まれたフェンスのこの完成は、貴族、僧侶、宗教階級、信者からの寄付によって資金提供されました。現在、塀は修道院を取り囲む108の塔で構成されており、塀の両側の長さは420メートルです。1782年、50人の修道士と共にボディ·サットヴァ学校が設立されました。モンゴルの貴族や貴族たちは、自分たちの壁の中にドゥガンや寺院があることを名誉としていたため、トゥシート·カーン寺院、ツェヴェンジャブ·ノヨンのドゥガン、オチルダールのドゥガンなど、多くの寺院が新しく建てられました。 1792年までに62の寺院、500の建物、1万人の僧侶に拡張されました。現在、18の寺院だけが残っています。一方、三ヅュウ寺院、グレート·ストゥパ、セルウン·ラヴリン寺院は、ハルクホルム市の遺跡から発見された石像やモニュメントを含む、元の修道院に残っている唯一の建物です。1675年に建てられたダライ·ラマ寺院もあり、当時のチベットのダライ·ラマに捧げられました。 この寺院には、マハーガル神の13人の像、ダライ·ラマの6人の生まれ変わり、ウンドゥル·ゲージン·ザナバザールの像と肖像画が展示されています。2つのクルデン寺院は修道院の外側の両側にあります。これらの寺院の背後には、レンガで囲まれた中庭に2つの墓があります。 墓の一つはアヴタイ·セイン王に捧げられ、もう一つの墓はアヴタイ·セイン王の息子であるトゥシート·カーン·ゴムボドルジに捧げられています。墓の後ろには、三つの瑞宝があります。

これらの建物は二重壁構造で、釘を1本も刺さずに木に節をつける方法で建てられました。 一つ目は暑さと寒さを区分するのに使われ、二つ目は礼拝に使われます。エルデンヌ·ズー修道院の寺院や建物は装飾されており、彫刻家や画家、鍛冶屋の傑作など、17世紀のモンゴルの遺物が保管されています。 エルデンヌ·ズー修道院は、手描き、ミニチュア装飾、文様装飾、彫刻、神の鋳造彫刻、浮彫り、木箱、香炉、陶芸、鐘、バジャラ、ガンジル、コロール·マンダラ、貴金属を使った貴重な文化遺産、タムダンシングの仮面、装身具などを保存しています。