Se dice que el Monasterio Erdenezuu actual se construyó moviendo los muros de piedra restantes en las afueras de Kharkhorin.

Primero, en 1580, el buen rey Avtai y su hermano menor Tumenhen se reunió con el III Dalai Lama y, según su consejo, se sentaron las bases mediante la restauración de un antiguo templo en la ciudad de Kharkhorum, Tahai balgasan.

Así, en 1586-1674, se construyeron los monasterios Erdenezuu y los monasterios Rigsum Gombo, en 1701-1705, el monasterio Ochirdar, el monasterio Avid y el monasterio  Ikh Suvargan, y en 1771-1792, se construyeron los monasterios Tsogchin Ikh Dugan y Lavrin. , respectivamente.

Entre 1802 y 1813, se agregaron 56 estupas adicionales al muro entre las estupas construidas por príncipes, monjes y personas piadosas.

Actualmente, la cerca amurallada con 108 estupas que rodean el monasterio tiene 420m de largo.

También en 1782, con 50 monjes y estudiantes, fue establecida la escuela de  Bodhisattva.

Debido a que los príncipes y nobles mongoles consideraban un honor tener su propio sanctuario dentro de las murallas, se construyeron muchos templos, como el sanctuario de Tusheet Khan y el Sr.Tseveenjav, el sanctuario de Ochirdar, etc.

Se construyeron muchos monasterios y en 1792 se había ampliado a 62 monasterios, 500 edificios y 10.000 monjes.

Hoy, solo quedan 18 templos, y ahora solo quedan los monasterios de Gurvanzuu, el monasterio de Zuu , Ikh Suvraga  y Seruun Lavrin entre ellos. Las estatuas de piedra encontradas en el pueblo de Kharkhorum permanecieron dentro del patio del monasterio. Detrás está el Templo del Dalai Lama, construido en 1675 para el Dalai Lama del Tíbet, donde se exhiben 13 figuras de Mahgal, 6 clones del Dalai Lama y figuras del Gran San Zanabazar. La mezquita Khurden se encuentra a ambos lados.

Detrás de estos templos hay dos santuarios en un patio con paredes de ladrillo. Uno de ellos es dedicado al buen rey Avtai  y el otro a su  hijo Tusheet Khan Gombodorji. Es una estructura de doble pared hecha mediante nudos apuntados sobre madera sin insertar un solo clavo. Su funcion es para separar lo caliente y lo frío y tambien se usa para adorar.

Los sanctuarios del monasterio de Erdenezuu están decoradas con obras famosas de escultores, pintores y herreros mongoles del siglo 17 y ha preservado el valioso patrimonio cultural como la esculptura, patrones ,campana, la máscara tsam y la ropa etc.